朽菌核危害幼苗和鳞茎，碎色花瓣病危害花朵和茎线虫病危害地上部。鳞茎收藏时，剔除受伤或有病鳞茎，贮藏鳞茎时室内要通风。
风信子的病害防治应以加强管理为基础、采取积极预防、综合防治为原则。由于风信子在温室中生长期较短，以发生病害为主。风信子常见的病害有生芽腐烂，软腐病、菌核病和病毒病。种植前基质严格消毒，种球清选并作消毒处理，生长期间每7d喷一次1000倍退菌特或百菌清，交替使用，可以在一定程度上抑制病菌的传播。严格控制浇水量，加强通风管理，控制环境中空气相对湿度，出现中心病株及时拔除，可以大幅度降低发病率。