渐渐的天气凉爽起来，北方基本已经看不到荷花了，只有将要发黄的荷叶。南方也进入末花期。现在藕正在生长或者已经完成生长过程。这段时间还要保持荷花缸内有水。要将绿色的没有枯黄的荷叶保留住，不要摘除，保持光照不断。可以施少量的氮肥。例如使用腐熟的豆饼少量放于缸中央的泥中。如果缸中的泥土够肥，这个时期完全可以不施肥。
到了气温接近零度的时候，荷花的种藕就要采取保护措施了。长江以南地区，冬季荷花缸都是直接置于室外，缸内上方保留着10公分以上的水。这样便可以安全过冬。长江以北广大地区，冬季荷花是要进行着重保护的。可以有多种方式进行留存。
一、将荷花缸搬至室内存放，缸内不能缺水。这种方法对于很多城市居民无法实现。尤其是一般荷花缸都会慢慢往外渗水，放在室内既无足够的空间，还会又潮又脏。但在城乡房屋较多的地方很容易实现。
二、将荷花缸放在一起。缸内上方水加满，用塑料大棚将全部缸罩起来，压住塑料皮的边角。如果有条件的话，可以将缸置于大水槽内，用塑料大棚盖住。
三、在冬季到来之前，提前翻缸，将藕取出，用湿土包裹住，再用塑料袋报纸等将其包好放于室内存放。