扁桃在我国的种植生产历史虽然十分悠久，但发展至今，仍然存在一些问题。和国外扁桃生产大国之间存在不小的差距，主要问题体现在以下几个方面：
1、缺乏良种
良种不仅应具备性状稳定、高产、稳产、果熟期短、品质好、抗病虫和晚霜，同时还要具备果实外观美、个大、出仁率高、含油量高、易剥壳、风味好等特性。丰产性能突出的良种少是导致扁桃产量长期处于较低水平的主要因素。
2、品种搭配不当 ，结实率低
建园时配置的授粉树与主栽品种的花期不遇或亲和力不强等现象严重。据调查，新疆一些扁桃产区的坐果率仅为5%-10%，主要原因是品种搭配不当，导致授粉受精不良，结实率低
3、病虫害及花期冻害严重
4、管理粗放，产量低而不稳，品质差
许多产区，不进行整形修剪，也很少进行土、肥、水管理的，树势大多衰弱，产量低而不稳，与世界先进水平存在较大差距，以株产量为例，美国和伊朗扁桃平均产量达到10千克/株，而我国扁桃产区新疆仅为1-2千克/株。
5、采后深加工技术落后
在扁桃采后深加工方面研究很少，造成扁桃的经济效益没能得到充分发挥。美国等一些发达国家从我国扁桃产区低价位收购原材料经深加工后又以高价的出口到我国的现象很普遍。由于采后深加工环节薄弱，采后增值率极低。
6、技术力量薄弱 ，研究滞后
目前，专门从事扁桃研究的科研人员少，政府的投资力度不够。高产栽培技术推广力度不够，造成许多扁桃产区的管理水平落后。
