用于药材生产的金银花病虫害防治与普通园林植物的防治有所不同，考虑到对人体健康的影响，金银花病虫害防治应当遵循以下原则：
1、严格禁止使用剧毒、高毒、高残留或者具有三致（致癌、致畸、致突变）农药。
2、如生产上实属必需，允许生产基地有限度地使用部分有机合成化学农药，并严格按照规定的方法使用。
3、应选用低毒、高效、低残留生物农药及个别中等毒性农药，大力推广绿色环保机械。
4、有机合成农药在农产品中的最终残留应从严掌握，不得高于国家规定的标准。
5、最后一次施药距采收间隔天数不得少于规定的天数。
6、每种有机合成农药在一种作物的生长期内只允许使用一次。
7、在使用混配有机合成化学农药的各种生物源农药时，混配的化学农药只允许选用指定的品种。
8、严格控制各种遗传工程微生物制剂的使用。
金银花花蕾期严禁用毒性农药，以防中毒和金银花失去价值。中华人民共和国农业部公告第199号规定，在中草药材、果树、蔬菜、茶叶上不得使用和限制使用的农药有：甲胺磷、甲基对硫磷、对硫磷、久效磷、膦胺、甲拌磷、甲基异柳磷、特丁硫磷、甲基硫环磷、治螟磷、内吸磷、克百威、涕灭威、灭线磷、硫环磷、地虫硫磷、蝇毒磷、氯唑磷、苯线磷等19种高毒农药。
