花菖蒲是由玉蝉花种内杂交选育获得的一个鸢尾园艺品种群，在日本已有500多年的栽培历史，发展于江户时代，是日本著名传统花卉之一。其花型典雅、花色清新，无论是盆栽、水植，还是地栽、瓶插，都散发着高贵迷人的气质，独具东方魅力，在国际上享有盛名。
花菖蒲精品展示区位于植物大楼室内展厅，以“花菖蒲浮生三记”为题，通过“初相见、渐相识、终相伴”三个篇章，以室内精品盆栽、精美插花和艺术作品等表现手法为载体，集中展示了江户、肥后、伊势和长井等4大系列品种及眼影鸢尾。其中，精品盆栽区域展示了‘雪且见’、‘绫部’、‘满月之恋’、‘华紫’、‘长井初红’、‘军船’等花菖蒲品种，包括粉、白、紫、蓝紫、黄、褐和紫褐等各式花色，通过盆栽陈列展示的形式，令参观者能近距离观赏到花菖蒲“一枝独秀”的卓越之美，还能深入了解花菖蒲栽培历史、文化渊源、品系鉴赏和栽培要点，这在国内花菖蒲展中属首次。
植物大楼南侧亲水平台、曲桥及周边水域构成花菖蒲水景应用区，共展示各类花菖蒲品种近3000盆。布置方式由近及远，迷你水景花园设计精巧，将‘藤绞’、‘湖水之祭里’、‘山红叶’、‘长井白’、‘长井小紫’、‘长井山紫水明’、‘月夜野’、‘初紫’等花菖蒲新优品种与睡莲、水葱、花叶芦竹、千屈菜、菖蒲、香蒲、梭鱼草、香菇草、灯心草和泽苔草等水生植物相配置，色彩丰富、层次分明，展现了花菖蒲在家庭园艺和小型水体中的应用。
曲桥两侧花菖蒲水景则蜿蜒曲折、温婉动人，其构思来源于《诗经·秦风·蒹葭》中的“所谓伊人，在水一方”。大型水景则采用水上浮床的展示形式勾勒出花菖蒲柔美的轮廓，形成一朵飘逸的水中花。
花菖蒲花境应用区位于植物大楼南草坪至棕榈区水体沿岸，展现了花菖蒲在花境中的应用形式。在河道两侧岸边的狭长空间中，以各色花菖蒲及其他鸢尾属植物为主体，并点缀少量宿根植物和小型花灌木，营造出别样的花菖蒲花境。
大型水景采用水上浮床的展示形式，勾勒出花菖蒲柔美的轮廓，形成一朵飘逸的水中花。
花菖蒲水景应用区，依地形打造蜿蜒曲折的游览路线，移步异景，为游客带来不一样的观景体验。
花菖蒲花境应用区以鸢尾属植物为主体，点缀宿根植物和小型花灌木，营造别样的花菖蒲花境。
