根据《中华人民共和国海关法》的规定，进口货物的收货人应当自运输工具申报进境之日起十四日内，出口货物的发货人除海关特准外应当在货物抵运海关监管区后，装货的二十四小时以前，向海关申报。一般来说，云南花卉的进出口海关手续需要经过以下程序的运作：
1准备报关单证
进口货物的收货人在收到运输或邮递公司寄交的“提货通知单”、出口货物的发货人在根据出口合同的规定备齐出口货物后，应当立即准备向海关办理其货物的进出口报关手续或委托专业（代理）报关公司办理报关手续，填写《进（出）口货物报关单》。同时准备好报关必备的以下单证：
1.1 发票一份
1.2 装箱单一份
1.3 运单一份（进口）
1.4 出口收汇核销单（出口）
1.5 海关签发的《进（出）口货物征免税证明》
1.6 检验检疫、濒危物种进出口等主管部门签发的证件
1.7 报关委托书（自理报关不需要）
2 报关单预录入
进出口货物的收、发货人准备好上述单证后，到昆明市北京路618号海关报关大厅委托有关报关公司将报关单申报的数据录入电子计算机后，才可以向海关正式递交《进（出）口货物报关单》。
3 海关在接受进出口货物的申报
经过审核报关单据、查验货物、依法征收税费后，对进出口货物做出结束海关监管的决定，并在有关报关单据上签盖“海关放行印章”。进出口货物的收、发货人凭此到昆明机场、凉亭货运站、邮局等海关监管现场办理提取进口货物或装运出口货物手续。
另外，如需要办理有关退税、收付外汇手续的企业，还需要到海关办理专用退税、收付外汇报关单的签发手续，企业凭海关签发的专用报关单到国家税务局和国家外汇管理局办理有关退税及核销手续。
目前，对云南省的花卉进出口，根据其鲜、活特点，海关设立了“绿色通道”，采取相应灵活便利措施，做到花卉进出口手续随到随验，节假日和八小时以外时间实现预约制。特殊情况下，对于进出口单证一时不能提供齐备的采取凭保函，用手填报关单的方式先验放货物，后补办有关进出口手续。在一般情况下，办结海关进出口手续需半天左右时间。
在海关监管区内办理海关手续时，海关对进出口货物的收、发货人不收取任何费用；在进出口货物的收发货人要求海关派员到海关监管区以外的地方办理海关手续时，海关按规定收取规费。
